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En 1941, cuando Japón entró en el conflicto bélico, el Gobierno del Perú dispuso la inmovilidad de los capitales de las sociedades y las personas jurídicas japonesas. Posteriormente se inició confiscación de bienes y la clausura de todas las instituciones y escuelas japonesas del país.
Para mantenerse en funcionamiento, la Escuela Japonesa de Lima (Lima Nikko) cambió su nombre a Escuela de Jesús María, solo con profesores peruanos. Sin embargo, en junio de 1945 fue confiscada con otras seis escuelas japonesas en el Perú.
Tiempo después, Lima Nikko se convirtió en el Colegio Nacional de Mujeres Teresa González de Fanning.